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Après des années de débat enflammé, les législateurs européens ont adopté une proposition ambitieuse visant à réviser la méthode d’autorisation des substances chimiques en Europe. Désormais, c’est aux entreprises de démontrer la sécurité de leurs produits avant de pouvoir les mettre sur le marché. Ce système d’enregistrement, d’évaluation et d’autorisation des substances chimiques, appelé REACH, a pour objectif de rendre les substances plus sûres pour la santé humaine et l’environnement et de stimuler l’innovation dans ce secteur. Il est entré en vigueur le 1er juin 2007.

La France a actualisé, en novembre 2006, le Plan Climat 2004-2012, qui doit lui permettre de tenir ses engagements pris dans le cadre du Protocole de Kyoto. Ce texte transpose également les directives européennes sur le climat et définit les « actions nationales de prévention du changement climatique ».

De nouvelles réformes de la PAC, comme supprimer les quotas de production dépassés, mettre fin aux dispositions spécifiques à certains pays et plafonner les subventions, seront inévitables dans les années à venir, tant pour respecter l'objectif de mieux légiférer de la Commission que pour obtenir un soutien plus général de la société à la politique agricole de l'UE. Les dirigeants européens ont décidé de faire un "examen de santé" de la PAC en 2008.

Les bioénergies produites à partir du bois, des déchets et des cultures agricoles sont généralement appelées biocarburants. Aujourd'hui, l'UE répond à environ 4% de ses besoins en énergie grâce à la biomasse. Le principal objectif du plan d'action dans le domaine de la biomasse, présenté en décembre 2005, est de doubler cette part d'ici 2010. Ce plan réduirait les importations de pétrole de 8%, empêcherait des émissions de gaz à effet de serre représentant 209 millions de tonnes d'équivalent CO2 par an et créerait jusqu'à 300 000 nouveaux emplois dans le secteur agricole et forestier. 

Le 6ème Programme-cadre pour la recherche et le développement technologique (6ème PCRD) est le principal instrument de l'UE pour le financement de la recherche en Europe. Adopté le 3 juin 2002 et opérationnel depuis le 1er janvier 2003, le programme couvre la période 2002-2006 avec un budget total de 17,5 milliards d'euros.

En janvier 2002, la Commission a adopté sa  stratégie pour l'Europe dans le domaine des sciences du vivant et de la biotechnologie, visant à rendre le secteur européen de la biotechnologie plus compétitif et à stimuler la recherche biotechnologique dans les domaines de la santé, de l'agriculture, des produits manufacturés et de l'environnement. Cependant, le troisième rapport de suivi de juin 2005 montre que beaucoup reste à faire pour atteindre les objectifs initiaux.

En réponse aux craintes du public concernant les organismes génétiquement modifiés (OGM) dans l'alimentation, l'Union européenne a adopté en juillet 2003 deux règlements instaurant un système européen de traçage et d'étiquetage des OGM afin de réglementer la commercialisation des aliments dérivés d'OGM. Cette nouvelle législation est entrée en vigueur en avril 2004. Le 18 mai, la Commission a mis un terme au moratoire de fait qui était en place depuis 1998 en approuvant de nouveaux OGM sur le marché européen.

On 26 June 2003, EU farm ministers reached a final agreement on a mid-term reform of the Common Agricultural Policy (CAP). Leading European farmers', business, consumer and environmental organisations have expressed deep disappointment with the compromise on the reform of the EU's farm policy.

L'élargissement confirme le soutien en
faveur du développement rural dans l'UE.

Le 26 juin 2003, les Ministres de l'agriculture de l'UE ont conclu un accord définitif sur la réforme à mi-parcours de la politique agricole commune (PAC). Les représentants des agriculteurs européens ainsi que les organisations de défense des consommateurs et de l'environnement ont exprimé leur profonde déception à propos du compromis sur la réforme de la politique agricole de l'UE.

L'Union européenne est très
engagée dans le processus de l'organisation mondiale du
commerce (OMC) visant à réduire les subventions
agricoles créant des distorsions commerciales et à
établir une réforme progressive des politiques
agricoles. Cependant, elle souhaite que les autres membres de
l'OMC tiennent compte du modèle européen
d'agriculture, qui met l'accent sur des préoccupations non
commerciales, telles que la protection de l'environnement, la
sécurité alimentaire et le développement
rural.

Ces dernières années, l'agriculture
biologique a souvent été sur le devant de la
scène du fait des diverses crises alimentaires qui ont
éclatées en Europe. En raison des crises telles que
celles liées à la vache folle ou à la
fièvre aphteuse, les industries agrochimiques modernes et
les méthodes de culture intensives ont fait l'objet
d'attaques, laissant apparaître l'agriculture biologique
comme étant la meilleure alternative. L'agriculture
biologique fournit un système plus durable de production
alimentaire. Cependant, à la différence des
"véritables" techniques de culture durables, l'agriculture
biologique dépend toujours des combustibles fossiles pour
la production, le transport et le traitement.

L'Union européenne a assuré la protection juridique de l'innovation
dans le domaine de la biotechnologie avec la directive 98/44/EC sur
la protection juridique des inventions biotechnologiques. La
directive établit des normes harmonisées afin de stimuler le
potentiel d'innovation et la compétitivité de la science et de
l'industrie dans l'Union. La directive définit quelles inventions
impliquant des plantations, des animaux ou le corps humain peuvent
ou ne peuvent pas être brevetées. Elle exige des Etats membres
qu'ils permettent le brevetage, dans certaines conditions, des
inventions qui peuvent avoir une application industrielle. La
Commission poursuit actuellement des démarches d'infraction contre
neuf Etats membres pour leur absence de transposition de la
directive en droit national après la date butoir du 30 juillet
2000.